當時，蒙古與明朝的“貢市”關系時斷時續。戰爭并不能割斷明朝與蒙古各部的經濟聯系。蒙古各部對中原地區的糧食、絲織品、鍋釜等的需求量很大，即使在雙方交戰的情況下，也還存在與明朝守邊士卒交易。蒙漢人民都希望能結束戰爭狀態。

嘉靖二十年七月，俺答派遣使臣石天爵、肯切到大同陽和塞，請求通貢，明世宗拒絕通貢，石天爵被遣返，肯切被扣留。二十一年閏五月，俺答再次派石天爵等為使臣，到大同鎮邊堡請求通貢。結果石天爵與肯切均被斬殺，傳首九邊。明朝的這種做法激化了本來可以緩和的民族矛盾。于是，俺答為了報復明朝，不時率眾侵擾邊境，搶掠財物，擄走百姓。明朝拒絕通貢，但又無法采取措施阻止俺答侵邊。俺答侵邊的次數越來越多，規模越來越大，最終發生了庚戌之變。

二十九年閏六月，俺答糾集所部侵入大同，大同總兵官張達和副總兵林椿皆戰死。消息傳到京師，輿論嘩然。明世宗急怒，命逮捕總督侍郎郭宗皋和巡撫陳耀，陳耀死于杖下，郭宗皋則發配遼左；奪情召尚書翁萬達代郭宗皋，總督未至，以兵部左侍郎蘇祐暫行總督事。咸寧侯仇鸞成為宣大二鎮新的總兵官，束手無策，懦弱懼戰，只好以重金賄賂俺答，使移寇他塞，勿犯大同。八月，俺答移兵東攻薊鎮，主力由黃榆溝突入長城，一舉攻占薊鎮直達通州，逼近京城。而京營兵僅有四五萬，半為老弱，半為大臣家占役，根本無戰斗力。京城防務陷于癱瘓。兵部尚書丁汝夔不得不奏報明世宗。明世宗急集兵民及四方應舉武生守城，迅速作出部署，詔命吏部侍郎王邦瑞、定西侯蔣傳提督九門；集文武大臣分守各門，每門13人，嚴密防衛；又另敕都御史商大節率科道官招募軍隊，很快形成一支近4萬人的義軍；又令召集至京的應武舉生千余人，分派給各位大臣，以供策應。同時飛檄召諸鎮兵，速赴京師勤王。

十八日，仇鸞率2萬大同鎮兵趕到，與俺答兵在河兩岸相對列陣。保定、延綏、河間、宣府、山西、遼陽諸鎮兵也陸續趕到城下，朝廷便把城外的京兵調入城中，以防內患。明援軍雖5萬余人，但皆恇怯不敢戰，又缺少糧秣。俺答提出通貢請求，又以攻城相威脅。明世宗把嚴嵩、徐階等召集入西苑議事。徐階獻緩兵之計，要求俺答退出長城，正式遣使來請，俺答撤軍北去。嚴嵩要求諸將堅壁勿戰，聽憑俺答兵在城外擄掠。俺答兵自白河渡潞水西北行。十九日，至東直門。二十一日，德勝門、安定門北民居皆被毀。二十二日，由鞏華城進犯諸帝陵寢，轉掠西山、良鄉以西，危及保定。俺答本欲從白羊口出塞，但為白羊守將扼險防御所阻，乃折回東南。在昌平，與仇鸞軍突然遭遇。仇鸞大敗，殺了幾十個百姓冒功。俺答長驅而去，仍由古北口奪關出塞。九月初一，蒙古兵全部撤退。

俺答退出京畿后，繼續請求通貢互市。京師解嚴后，明世宗一面清算誤事的大臣，作為替罪羊，將兵部尚書丁汝夔、侍郎楊守謙處斬。一面加強防御措施，改十二團營為三大營，設戎政府總其事；修建北京外城，置薊遼總督大臣，轄薊州、保定、遼東三鎮，募山東、山西、河南諸道兵歲集京師防秋，秋后散去，以為定制；又調各邊鎮銳卒入衛京師，以京營將分練邊兵。明代北部邊防逐漸加強。仇鸞深受帝眷，命掌三大營。十一月，仇鸞率諸鎮兵由宣大出師，聲言要直搗俺答巢穴；最后也只是稍出近塞，夜襲敵營，斬老弱數級而還。三十年春，在徐階等的勸說下，明世宗同意通貢，派兵部侍郎史道赴宣府、大同總理其事；史道迅速促成宣大、陜西馬市的開放。八月，明世宗改變初衷，召回史道，中止馬市。此后，俺答不斷派人到明朝請求互市，均被拒絕，于是，俺答部仍不斷進犯邊境。