建于1810年。1810～1927年校名為柏林大學，1828～1945年稱柏林皇家弗里德里希·威廉大學，1845～1948年再度改稱為柏林大學，1949年后改名柏林洪堡大學。1990年東西德合并后，進行了重大調整，多數教師為原西德教授所取代。從2000年開始，為了配合歐洲高等教育的博洛尼亞進程，開始設立擁有學士學位和碩士學位的英美制的學系。2012年，成為首批“德國大學卓越計劃”的11所大學之一。

柏林洪堡大學在成立之初共有4個學院：法律、醫學、哲學與神學。學校共有52名教師及256位學生。至2013年共有11個院系，分別是：法律學院、農業與園藝學院、數學與自然科學院Ⅰ（包括物理學、生物學、化學）、數學與自然科學院Ⅱ（包括數學、信息學、心理學、地理學）、醫學院、哲學院Ⅰ（包括哲學、歷史學、圖書館與信息科學、歐洲民族學）、哲學院Ⅱ（包括德語文學、德語語言文化、北歐研究所、英語語言學、羅馬語言學、斯拉夫語學、古典語言學）、哲學院Ⅲ（包括考古學、亞洲與非洲學、文化學、藝術與繪畫史、音樂與媒體學、社會學、跨學科兩性學）、哲學院Ⅳ（包括教育學、康復學、體育、教育質量發展研究）、神學院、經濟學院等。各學院均設有本科、碩士、博士的專業。2014年，柏林洪堡大學擁有3所分校，學生36 986人，其中外國學生為4662人。

第二次世界大戰之前，柏林洪堡大學是世界學術的中心。兩個多世紀的辦學歷史取得了舉世矚目的成就，培養和造就了一大批世界知名的科學家、學者和大師。如A.A.邁克耳孫、G.李普曼、K.布勞恩、W.維恩、M.von 勞厄、M.普朗克、A.愛因斯坦、J.夫蘭克、G.L.赫茲、W.K.海森伯、E.薛定諤、M.玻恩等人獲得諾貝爾物理學獎；J.H.范托夫（1901，第一個諾貝爾化學獎獲得者）、E.費歇爾、A.von 拜爾、E.布赫納、R.威爾施泰特、F.哈伯、W.H.能斯特、P.J.W.德拜、A.博特納特（1939，但未接受）、O.哈恩、O.P.H.迪爾斯等人獲得諾貝爾化學獎；T.蒙森獲得諾貝爾文學獎；G.施特雷澤曼獲得諾貝爾和平獎。此外，曾任職或就學于該校的學者有哲學家G.W.F.黑格爾、J.W.費希特、F.W.J.von 謝林、L.費爾巴哈、A.叔本華，法學家F.C.von 薩維尼，神學家F.D.E.施萊爾馬赫，詩人H.海涅等。共產黨理論的創始人馬克思和恩格斯分別于1836～1841年和1841～1842年間在柏林洪堡大學學習。

柏林洪堡大學在創辦之初確定的教學與科研相結合、全面實施人文教育的辦學宗旨，成為現代大學精神之源。洪堡所倡導的學術自由,以及教學與科學研究相統一的原則,對德國、歐洲和北美乃至全世界大學的發展產生了深遠的影響。