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共生微生物
與其他生物長久生活在一起的微生物。如人體內的大腸桿菌、豆科植物的根瘤菌、地衣的真菌與藍藻等。
共生可分為以下四種：①寄生，一種生物寄附于另一種生物，利用被寄附的生物的養分生存。②互利共生，對共生的生物體成員彼此都有利。③偏利共生，對其中一方生物體有益，但對另一方沒有影響。④偏害共生，對其中一方生物體有害，對其他共生的成員則沒有影響。?
根據共生微生物對宿主的影響，可將其分為：①寄生者（對宿主有一定影響）。②致病者（會使宿主生病）。③共餐者（對宿主無明顯影響）。④互利者（與宿主互利共生）。動物胃腸道中的微生物群落非常復雜，既存在有利菌也存在有害菌。如腸道微生物對人體腸道器官的健康非常重要，人的皮膚表面也有微生物群，它們是免疫系統第一防線的重要組成部分，如表皮葡糖球菌（Staphylococcus epidermidis）能產生抗菌肽（AMPs）。人體腸道中核心主導菌群與膳食模式中蛋白質、脂肪和糖類成分的比例有關，擬桿菌屬（Bacteroides）在長期以蛋白質和脂肪為主要膳食成分的人群中占主導地位，而在以碳水化合物、膳食纖維類、植物性飲食為主要膳食成分的人群中，普氏菌屬（Prevotella）則占核心地位。
