1904年3月11日由夏瑞芳創刊于上海的商務印書館。初名《東亞雜志》，因與當時德國駐上海總領事館出版的德文雜志《東亞雜志》同名而改為“東方雜志”。初為月刊。1920年1月以后改為半月刊，1947年7月后又改為月刊。第5卷以前由徐珂負責編輯。從第5卷第7期起，先后負責編輯工作的有孟森、陳仲逸（即杜亞泉）、錢智修、胡愈之、李圣五、鄭允恭、蘇繼庼等。

創刊時正值日俄戰爭，該刊宣稱“以啟導國民，聯絡東亞”為宗旨。對外主張聯日抗俄，對內提倡君主立憲。編輯內容除自撰社論外，經常選錄各種報刊的時論、記事、要聞和詔書、奏折等。設有“社說”“諭旨”“內務”“軍事”“外交”“教育”“實業”“小說”等15個欄目。32開本，每本10多萬字。正如其雜志英文名所示，以“雜錄”著稱，資料性較強，是全景百科全書式的文摘性刊物。從1911年第8卷第1期起進行“大改良”，改為16開本，每本20萬字。用潔白報紙西式裝訂，每期卷首都用銅版復制外國刊物上的精美圖畫4～10幅。內容也有改進：取消諭旨、奏章等官方文牘，按照文學、歷史、哲學、工業、商業、理化、博物等現代學科分門別類，廣征名家撰述，博采東西論著，增強了刊物的學術性，逐漸成為現代化的綜合性雜志。比同時期其他刊物字數多、裝幀好、售價低，受到讀者歡迎，銷量在1萬份以上。辛亥革命后，國內外形勢發生了巨大變化：1915年新文化運動興起，1917年俄國十月革命取得了勝利。但此刊卻鼓吹所謂“東方文明”，宣揚“君道、臣節”等封建倫常，思想依舊保守。

1919年五四運動以后，社會新思潮蓬勃發展。該刊從1920年第17卷第1期起進行了改革，提出雜志要順應世界之潮流。刊物面貌有較大改變，科技方面的文章減少，社會科學的論述增多。另設“世界新潮”“時論介紹”“讀者論壇”等專欄，發表資產階級各種學派學說，也刊登進步的政論文章。1924年發表魯迅的小說《祝福》和瞿秋白的政論《李寧與社會主義》。1925年五卅運動期間，出版臨時增刊，聲援工人和學生的反帝斗爭。1932年因日軍侵華而停刊8個月。1932年10月，胡愈之負責編輯后，增辟“東方論壇”等專欄，發表多篇主張抗日，介紹蘇聯社會主義，評述國際形勢和揭露德意法西斯勢力猖獗的文章，深受讀者稱贊。1933年1月刊行《新年特大號》，其中有些文章對國民黨的統治和社會現實進行了嘲諷，引起商務印書館總經理王云五的不滿。同年4月后，主編幾度易人。時局幾經變化，刊物也時有起落。

1937年七七事變后，各界名流學者積極在《東方雜志》上發表文章，號召全民抗戰，并系統地論述了“持久戰”“運動戰”“游擊戰”等戰略對策，刊物社會影響擴大，銷量增至五六萬份，這是該刊作為大型綜合性學術刊物最繁榮昌盛的時期。1937年冬，日軍侵占上海，東方雜志社內遷。先到長沙，再遷至香港，1941年香港淪陷后停刊。1943年在重慶復刊。幾經遷移，編輯出版工作大受影響，刊物質量也有所下降。1945年8月抗日戰爭勝利，1946年1月遷返上海。1948年12月停刊。前后歷時44年，共出版44卷，819號（期）。